第三，从地区内部来看，不管是东部地区，还是中部地区，还是西部地区，各个地区内部的差异都有上升的趋势。事实上，在各个地区内部，生均教育经费的绝对值都是有所提高的，如何保证经费投入增加的同时不会拉大区域内部不平等状况成为教育财政保障必须考虑的重要问题。
第四，东中西部地区内部的差异在这11年之间逐渐成为农村生均教育经费支出差距的最主要来源。在小学阶段，生均教育经费支出整体不平等状况中来自地区内部的差异贡献率从2000年的55.8%提高到93.5%，与之相对应，生均教育经费支出整体不平等状况中来自地区之间的差异贡献率则从2000年的44%下降到2010年的6%。在初中阶段，生均教育经费支出整体不平等状况中来自地区内部的差异贡献率从2000年的71%提高到2010年的82%，与之相对应，生均教育经费支出整体不平等状况中来自地区之间的差异贡献率则从2000年的29%下降到2010年的18%。这反映出，“新机制”针对不同地区采取不同的财政分担机制在一定程度上起到了缩小农村地区间差异的作用。