在玛雅人离开奇琴伊察后的几个世纪里，海洋对他们仍然很重要。1502年，克里斯托弗·哥伦布和他的儿子费迪南德，还有他的船员们在洪都拉斯以北70公里的瓜纳哈岛（Guanaja）附近遇到了一只玛雅独木舟。在费迪南德为父亲而写的传记中，他描述了父亲看到的情景：“独木舟是由一根树干做成的，就像其他印第安独木舟一样。”这艘独木舟由25名桨手划动，有威尼斯战舰那么长，大约有20米。玛雅人挖空了巨大的象耳树树干来制作独木舟。除了船员，独木舟还载着妇女、儿童、他们的财产、不同的货物以及包括根茎、谷物、玉米酒在内的食物。费迪南德没有记录玛雅独木舟的目的地，但它可能是沿着海岸航行，或在前往古巴或另一个加勒比岛屿的途中。
哥伦布意识到了这艘巨型独木舟的意义，这艘独木舟“在一瞬间，揭示出那个国家的所有物产”。他没收了“最昂贵和最漂亮的东西”，包括刺绣和彩绘的棉衣、木剑、削铁如泥的燧石（可能是黑曜石）刀以及铜铃铛。