其实，对南京临时政府与清廷议和，并且先推举孙中山为中华民主共和国总统，他也是很感“失望”的。因为，他看出了大家都不想革命了，然而他却看到了，并在临终之前仍然念念不忘的那句遗恨：“革命尚未成功，同志仍须努力”。
但是，直到宋教仁因到处发表竞选内阁总理而被刺后（这是民初继张振武第二个最大政治谋杀疑案，并因此导致天下大乱，不可收拾。民国共和也自此令人诟病，祸首疑为袁世凯所为，但至今也未澄清），革命党人的幻想破灭了，他们被迫于仓皇中起来和袁世凯斗争。
孙中山也深知派别林立，当政治利益重新分配的时候，就极易产生权力之争，党同伐异等现象。但他未曾想到日后会有你死我活的权力斗争。他到处题词“天下为公”，自己也以公仆心态出现，如他在当选后，立即致电袁世凯，表示和议成功，即当避席。