第二，在海坛(今福建平潭岛)、南澳(今福建南澳岛)设官阻截私往南洋贸易的船只。并于东南沿海冲要地方设立炮台，增加驻军，充实水师，经常巡查，严拿违禁者。至康熙五十八年(1719)五月，据广西总督杨琳报告，“广东沿海险要地方，修筑炮台、城垣、汛地共一百二十六处；盖造营房共一千三百八十间，拨守官兵共三千九百九十一人，安炮八百零七位”。其他各省，也照此办理。康熙年间，属于松江府的上海，地位日益重要，原有守备一员、千总一员、把总二员、兵二百七十五名，不足用。经两江总督奏请，康熙皇帝于五十七年(1718)六月决定将提督右营官兵移驻上海，其原驻的黄浦营改为水师营，添设船只，专在海上巡查。沿海其他各处口岸，亦各派官兵防守，并拨文官“盘验船只，严拿奸匪”。
第三，对沿海各省之间往来的商船、渔船实行盘验与护送。规定“凡往台湾之船，必令到厦门盘验，一体护送，由澎而台，其从台湾回者，亦令盘验护送，由澎到厦”。凡往来台湾之人，必定地方官给照，方许渡载，否则不准，“如有犯者，官兵民人分别严加治罪”。